Panji Gumilang kemudian melanjutkan studi di IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan mengambil Fakultas Adab Jurusan Sastra dan Kebudayaan Islam.
Pada 2004, ia dianugerahi gelar Doktor Honoris Causa bidang Management, Education and Human Resources oleh IMCA (International Management Centres Association).
Melalui jurnal penelitian pendidikan Islam Tabroni Roni (2019), diketahui bahwa Panji menerapkan Sistem Pendidikan Satu Pipa (One Pipe Education System), yakni sebuah sistem pendidikan formal yang tidak terputus dari tingkat dasar hingga tinggi.
Bukan hanya Ponpes Al-Zaytun saja yng memiliki kontroversi.
Baca Juga: Nonton Anime Dead Mount Death Play Episode 3 sub Indo, Sanko Bergerak Selidiki Polka, Link Disini
Namun sosok pendirinya, Panji Gumilang juga sempat beberapa kali menuai kontroversi.
Pada tahun 2011, ia sempat dikaitkan sebagai Imam Negara Islam Indonesia (NII) Komandemen Wilayah (KW) 9.
Namun ia membantah hal tersebut.
Selain itu Panji Gumilang dsempat terjerat kasus pemalsuan dokumen Yayasan Al-Zaytun.
Baca Juga: Berapa Upah Kerja Lembur di Hari Libur Nasional? Cek Perhitungannya Sekarang
Kasus tersebut pun berlanjut hingga persidangan dan Panji Gumilang divonis 10 bulan kurungan pada tahun 2012.